Inicialmente, examina-se o órgão como um todo, para verificar se há alguma alteração em seu revestimento. Na prevenção do câncer, é método bem estabelecido, especialmente do câncer de estômago e esôfago. Pequenas lesões, assim como lesões superficiais podem ser removidas durante o procedimento endoscópico, evitando-se desta forma cirurgia convencional. A endoscopia, como um todo, evoluiu muito nas últimas décadas. Pode-se, também, examinar as vias biliares e pancreáticas.